История музея началась почти столетие назад. Первыми собирателями музейных ценностей стали представители Русского культурно-просветительного общества, образованного в г. Петсери (так Печоры назывались в период с 1920-х по 1940-е годы, когда по Тартускому мирному договору город входил в состав Эстонии).

Первый краеведческий музей при обществе был создан в двадцатых годах прошлого века и просуществовал до 1944 г. Во время боёв за освобождение города здание, где располагались коллекции, сгорело, погибли и все экспонаты.

В 1949 г. в Доме культуры выделяется комната для первых экспонатов. Этот день считается датой основания Музея истории города Печоры. С этого момента не прекращается работа, связанная с комплектованием основного музейного фонда.

В 1974 г. музей переезжает в здание бывшей районной поликлиники.

25 декабря 2015 года музей истории города Печоры открыл обновленные экспозиции в здании по адресу: г. Печоры, ул. Международная, 6.

Экспозиции музея знакомят с ролью Псково-Печерского Свято-Успенского монастыря в становлении и развитии города, с историей Печор в годы Ливонской и Северной войн, Отечественной войны 1812 года, Великой Отечественной войны 1941-1945 годов, с жизнью и культурными событиями города в конце 19 – начале 20 столетия, составом населения, сферой занятий местных жителей, с удивительным народом сето, издревле проживающим на этой территории.

Разнообразна коллекция археологии. В её состав входят предметы эпохи неолита, памятники культуры славян и русского средневековья, предметы из курганного захоронения, украшения, предметы вооружения.

Коллекция памятников письменности XVII — XX вв. включает документы, фотографии, Евангелие 1674 г., грамоты, указы. В коллекции предметов изобразительного искусства XVIII — XX вв. имеются два рисунка Н. Рериха, подаренные музею наместником монастыря Архимандритом Алипием (Вороновым), этнографические зарисовки горожан: русских и сето в национальных костюмах, большое собрание работ художников: П. Д. Мельникова, А. Ф. Шнявина, Л. А. Микстайса, рисунки Калашниковой А. П., графика Зубченкова П. П. и др.

Особое место в собрании музея занимает коллекция женских украшений народа сето.

Богатые и разнообразные коллекции раскрывают историю города и края от эпохи неолита до наших дней. Хронологический принцип выставочных залов, позволяет посетителю в ходе экскурсии погрузиться в глубокую древность и постепенно, переходя от витрины к витрине, из зала в зал, ощутить неразрывную связь времён и поколений.